После распаковки zip архива php, и настройки iis (Хорошо описано на хабре), запускаем тестовый скрипт

<?php phpinfo(); ?>

По умолчанию конфигурационный файл храниться в папке %WINDIR% (обычно «c:\windows»).
Чтобы PHP искал и использовал php.ini в другой директории необходимо изменить значение переменной среды PATH.
Для этого:

1. В «Свойствах системы» (Правой кнопкой мыши по ярлыку «Мой компьютер» — «Свойства») перейти на вкладку «Дополнительно», внизу будет кнопка «Переменные среды»
2. В разделе «Системные переменные», выбрать «Path» и нажать «изменить»
3. В конец значения переменной добавить «;C:\php\«. C:\php\ — путь где храниться Ваш php.ini. Внимание перед C:\php\ обязательно поставьте точку с запятой.
4. Перезапустите IIS

Теперь PHP будет загружать php.ini из директории C:\php\

Если у Вас Apache то подобный трюк выполняется путем добавления строчки в httpd.conf, сразу после строчки подключения PHP модуля

PHPIniDir "C:/php"